Hallo Nicole.
In Nassau kannst Du auch mit einem normalen Taxi fahren für ein paar Dollar, muss nicht unbedingt per Boot sein. Nur so zur Info, das das Atlantis auch ganz normal zu erreichen ist. Falls Du an der Insel UND Atlantis interessiert bist, direkt am Pier stehen ganz viele, die Ausflüge anbieten. Sind da mit kleinen Bussen gefahren, wo 6 Personen reinpassen. Die Tour wird dort angeboten für 35 Dollar ( auf dem Schiff das Doppelte...)und es ist wohl üblich, auf 30m runterzuhandeln...wir waren die einzigen, die gleich bei 35 "Hier" geschrien haben :-D Zum Ende der Tour fährt man halt ins Atlantis und hat da Zugang in die Hotelhalle, und die Aquarien mit Riesenrochen etc. - uaf jeden Fall kann man sich ganz gut umsonst etwas ansehen. Für andere, abgetrennte Bereiche werden 35 Dollar verlangt. Ob sich die Investiotion lohnt kann ich nicht sagen.
Ansonsten musst Du bei Ausflügen halt gucken was Dir gefällt und was Du bereit bist zu bezahlen. Einige Sachen die Du bei der Reederei buchst, sind überteuert, manche haben nur minimale Aufschläge. Wir haben die Erfahrungen gemacht das ALLE Ausflüge, die auf den Schiffen angeboten werden, auch vorab bei ortsansässigen Anbietern zu günstigeen Preisen im Internet gebucht werden können. Würde sogar mal behaupten, das das mitunter die gleichen Anbieter sind, über die die Reederei bucht. Oder Du hast auch immer die Möglichkeit direkt am Pier nach Ausflügen zu suchen, weil da immer Anbieter rumrennen. Zur Not kann man auch was individuelles mit dem Taxi machen und vorher mit dem Fahrer einen Pauschalpreis aushandeln.
Hier hast Du mal einen Beispiellink, wo Du Ausflüge buchen kannst
http://www.viator.com/Nassau/d420-ttd oder
http://bahamascruiseexcursions.com/
Wenn Du noch mehr Fragen hast : Frag!
wenns recht ist 
